Три с половиной тысячи туш были выловлены выше по течению и таким образом не попали на территорию Шанхая, население которого составляет около 24 миллионов человек.
Городские власти уверяют, что опасности крупномасштабной эпидемии нет, а вода в Шанхае безопасна для питья.
Однако главный ветеринар министерства сельского хозяйства Китая Юй Канчжэнь заметил, что в некоторых пробах биоматериала, взятых от погибших животных, был обнаружен свиной цирковирус.
По сообщениям шанхайского городского комитета сельского хозяйства, вирус может вызвать болезнь у свиней, но не способен распространяться от животных к человеку.
Были найдены также следы вируса, вызывающего эпидемическую диарею свиней.
Предполагается, что свиньи были забиты в городе Цзясин, в соседней провинции Чжэцзян, откуда их и принесло течением реки в Шанхай.
Однако вице-мэр Цзясина Чжао Шумэй заявил в интервью телевидению Китая, что есть свидетельства того, что не все свиные туши из его города.
По его словам, уши выловленных из реки свиней были помечены так, как их обычно помечают в соседних областях.
Источники в животноводческой отрасли Китая утверждают, что фермеры могли сами забить свиней, у которых подозреваются вирусные заболевания, и, вероятно, выбросили их туши в реку.
Согласно источникам, в Китае сейчас проходит кампания против незаконной торговли свининой, зараженной вирусными болезнями. Это вызывает увеличение объемов забоя скота, от которого пытаются избавиться, в том числе выбрасывая в реки.
По сообщениям местных СМИ, в 2012 году 130 тысяч фермеров Цзясина вырастили более 7 миллионов свиней.
Свинина является основным мясным продуктом Китая. В конце 2012 года общее число свиней в стране превышало 475 миллионов голов.
Озабоченность состоянием экологии
Пользователи Вейбо, китайского эквивалента сети микроблогов Twitter, отнеслись к заявлениям властей с недоверием.
"Официальные власти, мы готовы содержать вас, но, пожалуйста, не дайте нам умереть от отравления. Кто тогда будет служить вам? Подумайте дважды", - написал некто Ши Ликин.
"Цвет воды в реке очень напоминает цвет экскрементов. Даже если бы в ней не были обнаружены мертвые свиньи, вы бы не смогли ее пить", - утверждает пользователь с ником Южоу Дуэлист.
В то же время в заметке колумниста государственного издания Global Times подчеркивается, что скандал с мертвыми свиньями произошел на фоне растущей озабоченности состоянием экологии Китая.
"Граждане страны, как обычные китайцы, так и представители властей, должны помнить о необходимости защиты окружающей среды", - говорится в статье.
В заметке также содержится призыв к властям "вовремя обнародовать информацию о качестве питьевой воды для того, чтобы успокоить общественность".