Армия вошла в Кирдаса около 05:30 по местному времени (03:30 GMT), чтобы ударить по "очагам преступности и терроризма", сообщили власти египетскому агентству МЕНА.
В ходе столкновений боевики застрелили высокопоставленного полицейского - генерала Набиля Фарага, передают государственные СМИ страны.
Одиннадцать полицейских были убиты в Кирдасе в августе, спустя несколько недель после свержения президента-исламиста Мохаммеда Мурси в июле.
В городе проводится спецоперация, сообщает корреспондент Би-би-си Квентин Соммервиль из центра Кирдасы.
Силы безопасности обыскивают дома в поисках членов исламистского движения "Братья-мусульмане", рассказали Би-би-си жители города.
"Покончить с Сиси"
За несколько часов до вторжения армии в город жители были настроены не сдаваться. Тысячи человек приняли в среду участие в акции протеста в поддержку Мурси, призывая "покончить с Сиси" - главнокомандующим, генералом Абдул-Фаттахом Сиси.
Власти Египта пообещали ответить на нападение на полицейских в августе.
По данным государственных СМИ, незадолго до начала операции в Кирдасе с военными встретился заместитель министра внутренних дел по безопасности в центральной части страны, генерал-майор Ашраф Абдулла, передает МЕНА.
Государственый телеканал Nile News TV показал кадры, на которых была изображена военная техника в Кирдасе, в том числе принадлежащая армии.
Блокпосты вокруг города препятствовали доступу туда мирных жителей, отмечает наш корреспондент.
"Я не могу нести ответственность, если в тебя выстрелят", - говорил военный местному жителю.
Пресс-секретарь министерства внутренних дел Египта заявил, что "в Кирдасе по-прежнему остаются некоторые вооруженные элементы на крышах, и мы сейчас ими занимаемся".
В Каире в четверг также произошел инцидент: несколько линий метро остановились после обнаружения двух неразорвавшихся бомб на путях вблизи станции Хильмийят аль-Зайтун на юге столицы Египта.
Как сообщили представители властей, на место происшествия выехали саперы, которые обезвредили "примитивные" устройства, после чего движение в метро возобновилось.
"Аутсайдеры"
По меньшей мере 1000 человек, в том числе около 100 полицейских, погибли во время беспорядков, произошедших после свержения Мурси.
Многие из них погибли во время разгона военными двух сидячих забастовок в поддержку Мурси в Каире в августе.
Кирдаса, расположенная в 14,7 км от Каира, известна производством и продажей тканей.
Жители города, которых СМИ цитировали в четверг, заявили, что не доверяют полиции.
"Мы знаем, что они придут арестовывать людей, которых мы знаем и уважаем и которых они обвиняют в насилии, совершенном, как известно, аутсайдерами, а не нашими уважаемыми шейхами", - заявил местный житель по имени Ахмед Али агентству Рейтер.
В понедельник военные арестовали десятки человек во время рейда по поимке сторонников Мурси в городе Дельга, провинция Эль-Минья, расположенной в 300 км к югу от Каира.